懷恩堂自1953建堂，六十多年來從未間斷上帝給我們的宣教使命，從早期在不同地區建立分堂的植堂事工，到綠島、六龜的福音隊，原住民福音事工的推展，及至目前向10-40之窗未聞與少聞福音地區的跨文化宣教，在在可以看到懷恩在宣教事工的努力。
懷恩堂的宣教目標是成為「宣教的懷恩」，希望懷恩堂的每一位弟兄姊妹都能參與懷恩的各種宣教事工：無論是加入短宣隊，做第一線的福音使者、或參與宣教禱告，做宣教的代禱勇士、或為宣教奉獻金錢，支持各種宣教工作的發展、或關懷宣教士，關顧與鼓勵懷恩所支持的宣教士們；以致懷恩堂的每一位弟兄姊妹都能成為「宣教的懷恩人」！
懷恩堂的宣教策略：
一、 對內，藉著主日學、助道會、小驢駒及各種宣教訓練課程，期望能訓練所有的會友成為宣教精兵，前往10-40之窗未聞與少聞福音地區短宣；抑或藉著合唱團、服務學習等福音預工訓練，帶領青年人投入文化交流、社區服務，以「做中學」的方式訓練青年人成為未來懷恩的的宣教精兵。
二、 對外，一方面幫助有特殊需要的地區建立培訓中心，幫助他們設計短期及長期的聖經或專業課程，並運用教會內的各種人才去教導和訓練當地的傳道人，讓福音更能廣傳偏鄉的各個角落；另一方面，則設立「珍珠計畫」尋找和幫助創啟地區的學生菁英，牧養他們歸信基督，並期望能建立他們成為基督的門徒；同時也尋覓優秀的傳道人來台進修，修業期滿後差派他們回到自己的家鄉植堂、開荒，以幫助懷恩可以開發更多的宣教區域。
這些年懷恩的宣教足跡，在國內走過了綠島、台東、澎湖及屏東等地區，在國外則遠至印度、緬甸和未聞及少聞福音之創啟之地；但願上帝繼續帶領著我們的腳步，在祂的使命中逐步開展，讓更多的人有機會認識上帝，得著祂的愛與恩典！